Perintisan YPI Muwahidun dimulai oleh KH. Abdul Wahid Hasyim pada tahun 1967 di Desa Bageng, Kecamatan Gembong, dengan membuka PGAI (Pendidikan Guru Agama Islam) berjenjang 4 tahun yang saat itu belum memiliki nama resmi.

Pada tahun 1978, beliau menerima wakaf tanah dari KH. Koso, salah seorang tokoh agama Desa Bergat, untuk pengembangan lembaga pendidikan. Tidak lama kemudian, PGAI tersebut memiliki lahan sendiri dan berganti nama menjadi MTs Muwahidun dengan masa belajar 6 tahun, dikelola dibawah Yayasan Pendidikan Islam (YPI) Muwahidun.

Seiring perubahan regulasi pemerintah, Muwahidun kemudian mengelola dua lembaga: MTs Muwahidun dan MA Muwahidun, masing-masing dengan masa belajar 3 tahun. Namun, keterbatasan dana membuat KH. Abdul Wahid Hasyim harus mengurangi aktivitasnya di yayasan dan lebih fokus pada usaha, sembari menyiapkan kader dengan menyekolahkan kader-kadernya ke berbagai perguruan tinggi dan pesantren di Indonesia. Sementara itu, keterbatasan jumlah pengelola dan menurunnya jumlah peserta didik menyebabkan MTs Muwahidun mengalami kemunduran, hingga akhirnya terpaksa dinegerikan agar tetap dapat melanjutkan proses pendidikan.

Memasuki tahun 2003, Ust. Haryanto, Ust. Ernayati Zahroh, dan Ust. Ali Zuhri merintis kembali MTs Muwahidun dengan konsep “Terpadu” berbasis pesantren. dan pada tahun 2004, dirumuskan visi baru yayasan, yaitu “mempersiapkan kader ulama berwawasan luas,” yang berlandaskan aqidah , syari’ah sesuai pemahaman salafus sholeh, sekaligus membekali santri dengan wawasan keilmuan umum dan keterampilan hidup.

Kemudian pada tahun 2005, berlanjut beliau (Ust. Haryanto, Ust. Ernayati Zahroh, dan Ust. Ali Zuhri) merintis MA Muwahidun berkonsep “Terpadu” sebagai lanjutan dari MTs Terpadu Muwahidun, yang pada saat itu, terdapat dua MA dalam satu yayasan: MA Terpadu jurusan IPA dan MA Muwahidun jurusan IPS. Kondisi ini bertahan hingga tahun 2011 sampai pada akhirnya MA Muwahidun ditutup sepenuhnya, maka sejak 2012 hingga tahun sekarang seluruh unit pendidikan menjadi “Terpadu” dan seluruh siswa diwajibkan untuk tinggal di asrama.

Pada tahun 2025, YPI Muwahidun melangkah lebih jauh dengan menyempurnakan konsep “Pendidikan Terpadu” menjadi “Pendidikan Holistik”, yaitu pendidikan yang mengembangkan seluruh aspek penciptaan manusia berlandaskan nilai-nilai tauhid. Penyempurnaan ini diwujudkan melalui perintisan pendidikan usia dini dan dasar dengan membuka RA (Raudhatul Athfal) dan MI (Madrasah Ibtidaiyah) Muwahidun yang kemudian digeneralisasikan ke semua unit pendidiakan di bawah naugan YPI Muwahidun.

Langkah tersebut merupakan bentuk penguatan sistem pendidikan berjenjang, mulai dari dasar hingga menengah. Hal ini menjadi visi besar yayasan untuk menghadirkan pendidikan Islam yang holistik, berkesinambungan, dan terjangkau bagi masyarakat, sekaligus menjadi pijakan penting dalam mempersiapkan “Ulama yang Ilmuwan, Ilmuwan yang Ulama” yang siap menghadapi tantangan zaman.